[Italiano-Español] MINISTERIO DE CIENCIA, TECNOLOGÍA E INNOVACIÓNREPORTE EPIDEMIOLÓGICO MOLECULAR DE LAS PROVINCIAS...

Lunedi 4 gennaio 2021 Il Consorzio tra sequenziamento del genoma e gli studi genoma di SARS-CoV-2 (Progetto PAIS), consorzio interdisciplinare di scienziati argentini scientifiche e coordinati da Dra. Mariana Viegas dell'Ospedale Ricardo bambini del Laboratorio di Virologia del Gutierrez e ha creato il Ministero della Scienza, Tecnologia e l'Innovazione, ha condiviso una relazione sulle diverse situazioni epidemiologiche nelle province di la Pampa, Neuquen e Rio nero. I campioni analizzati coprire il periodo 24/04/2020 2020/12/10 Sebbene il periodo di tempo studiato non è esattamente la stessa per i tre province, in generale, si è osservato che, nel caso della Pampa, circolazione virale solo apparso in cluster, mentre nelle province di Neuquen e Rio nero, c'era un passaggio di flusso di conglomerati in circolazione comunitaria. 29 sequenze di Neuquen, Rio Nero 28 e 17 di La Pampa: 74 sequenze nel rapporto di campioni clinici SARS-CoV-2 da pazienti con COVID-19 province citate sono segnalati. I risultati sono stati ottenuti con il sequenziamento provincia nodi Neuquen e il CABA. I campioni sono stati forniti dal Laboratorio Centrale Laboratorio Centrale Sezione Virologia di Neuquen, Laboratorio del Dipartimento di Epidemiologia presso Santa Rosa Regional Hospital Artemide Zattide Viedma, Laboratorio MICROBIOM di General Roca e Laboratorio dell'Ospedale Zonale Dr. Ramon Carrillo de San Carlos De Bariloche. situazione epidemiologica nella provincia di La PampaDesde 21 marzo - 13 luglio 2020, è stato segnalato il verificarsi di 8 casi di COVID-19, dalla notifica luglio è cresciuto rapidamente. Il 29 luglio un picco di 22 casi sono stati registrati nella provincia con data di esordio in quel giorno. Da lì una serie di focolai avvenuto in cluster. A 12 ottobre 2020 in provincia ci sono stati un totale di 8431 casi segnalati, di cui 1.117 sono stati confermati casi. In Pampa circolazione singola linea di SARS-CoV-2 (B. 1. 3) è stato osservato, che circolava anche nel AMBA, specialmente CABA nel periodo da marzo a giugno. Tuttavia, essi sono stati osservati a meno quattro introduzioni separate di questo lignaggio alla provincia, con tre di loro associato con lo sviluppo di cluster di trasmissione virale in aree circoscritte coerenti con i dati epidemiologici registrate (conglomerati circolazione). situazione epidemiologica in provincia di NeuquénAl 31 agosto 2020 in provincia ha registrato un totale di 9185 casi, di cui 3159 sono stati confermati. In questa provincia la presenza di tre linee di SARS-CoV-2 (B. 1. 1, 1. 3 e B. B. 1. 1. 1) è stato osservato fortemente dominato dalla B. 1. 1 il cui movimento è eventualmente associato ad una singola introduzione. E 'stato già osservato a partire dai primi mesi di una pandemia e la diffusione non solo a Neuquen, ma anche in diverse città della provincia di Rio Nero appartenenti al l'Alta Valle del Rio Nero -comunicadas da 22- RN. In questo gruppo numerosi eventi sono stati osservati diversificazione compatibile con circolazione sostenuta e informazioni epidemiologiche registrate. situazione epidemiologica della provincia di Rio NegroAl 27 agosto, 2020, la provincia aveva analizzato 17701 casi sospetti di COVID-19 in totale, con 5264 casi confermati. Rio Nero la presenza di tre linee (B. 1. 1, 1. 3 e B. B. 1. 1. 1) con una particolare distribuzione geografica è stata osservata per ciascuno. Come accennato in precedenza, i campioni di stirpe B. 1. 1 (dalla zona della zona Alta Valle e Atlantic) sono stati associati con sequenze in provincia di Neuquen. Sequenze lignaggio B. 1. 1. 1 è situato principalmente nella zona andina (Bariloche) e la zona Sud (Jacobacci), e ha mostrato circolazione sostenuta dai primi mesi della pandemia. Infine, le sequenze del lignaggio B. 1. 3 è venuto dalle città di Villa Regina, Viedma e Carmen de Patagones (provincia di Buenos Aires). in particolare alle sequenze confrontati SARS-CoV-2 ottenuta nel periodo marzo aprile e isolata nel periodo (aprile-ottobre), che, nella maggioranza dei casi è stato possibile contenere stata osservata la circolazione virale. Cioè, inizialmente trovato cluster genetici (ad esempio in Neuquén) non si trova inthe secondo periodo rappresentato Tuttavia, in alcuni casi non vi era evidenza di circolazione sostenuto di varianti virali, che sono stati stabiliti nella popolazione fin dall'inizio. Che è, in filogenetica delle sequenze analizza il primo periodo sono stati correlati al basale a quelle del nuovo periodo. Infine, alcuni cambiamenti ammino acidi in diverse regioni del genoma virale, alcuni di loro nella regione codificante per le sequenze proteiche Spike delle tre province (R21T, H49Y, G75V, A626S, E654Q, N925D, Q957L trovato, T1027I). D'altra parte, in una NSP3 deleciónde 30 nucleotidi (NSP3_del387-396) associati con un gruppo genetico di circolazione sostenuta province di Neuquén e Rio nero è stato trovato, sostenendo l'idea che tutti hanno un antenato comune. Questo gene cluster contenente prevalentemente le sequenze più recenti di tali posizioni ed è di particolare interesse per il follow-up in periodi successivi. Una volta completata l'analisi rilevante per questo sequenze fase saranno caricati sul GISAID banca dati internazionale. Nel frattempo queste e tutte le sequenze generate dal paese progetto sono a disposizione dei ricercatori che sviluppano progetti nel quadro della pandemia nel paese e hanno bisogno di essere le informazioni rilevanti per i loro progetti. Per saperne di più digitare http: / / paese. qb. FCEN. uba. ar / PAISCreado progetto dal Ministero della Scienza, Tecnologia e Innovazione dell'Argentina, il Consorzio Inter per il sequenziamento del genoma e genomici studi di SARS-CoV-2 (Progetto PAIS) è costituito da gruppi di ricerca provenienti da diverse istituzioni, con l'obiettivo sequenziamento del genoma ed eseguire altri studi genomici di SARS-CoV-2. Coordinato da Dra. Mariana Viegas del Children Hospital del Laboratorio di Virologia del Ricardo Gutierrez, i lavori del team articolate e collaborativo per studi di genomica di SARS-CoV-2 nel nostro paese e contribuiscono sia alla conoscenza locale e al database globale di GISAID circolazione virale (Initiativeon globale la condivisione di tutti i dati Influenza). I suoi obiettivi includono il sequenziamento del genoma di SARS-CoV-2 circolante in diverse regioni del nostro paese, analisi su larga scala di sequenze, genomi assemblate, analisi filogenetica e filogeografici, epidemiologia e studi evoluzione e correlazione molecolare clinica.

lunes 04 de enero de 2021 El Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-COV-2 (Proyecto PAIS), consorcio interdisciplinario de científicas y científicos argentinos coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez y creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, compartió un informe sobre las distintas situaciones epidemiológicas de las Provincias de La Pampa, Neuquén y Río Negro. La muestras analizadas abarcan el período 24/ 04/ 2020 al 12/ 10/ 2020 Aunque el período de tiempo estudiado no es exactamente el mismo para las tres provincias, en líneas generales, se observó que, en el caso de La Pampa, la circulación viral solo se presentaba en conglomerados, mientras que, en las provincias de Río Negro y Neuquén, hubo un paso de circulación en conglomerados a circulación comunitaria. En el informe se reportan 74 secuencias de SARS-CoV-2 provenientes de muestras clínicas de pacientes con la COVID-19 de las provincias mencionadas: 29 secuencias de Neuquén, 28 de Río Negro y 17 de La Pampa. Los resultados fueron obtenidos por los Nodos de Secuenciación de la provincia de Neuquén y de la CABA. Las muestras fueron aportadas por el Laboratorio Central de Neuquén, Laboratorio de la Dirección de Epidemiología de Santa Rosa, Laboratorio Central Sección Virología de Hospital Regional Artémides Zattide Viedma, Laboratorio MICROBIOM de General Roca y Laboratorio del Hospital Zonal Dr. Ramón Carrillo de San Carlos De Bariloche. Situación epidemiológica de la provincia de La PampaDesde el 21 de marzo hasta el 13 de julio de 2020, se notificó la ocurrencia de 8 casos de COVID-19, a partir del mes de julio la notificación creció en forma acelerada. El día 29 de julio se registró un pico de 22 casos en la provincia con fecha de inicio de síntomas en ese día. A partir de allí se sucedieron una serie de brotes en conglomerados. Al 12 de octubre del 2020, en la provincia hubo un total de 8431 casos notificados, de los cuales 1117 fueron casos confirmados. En La Pampa se observó la circulación de un solo linaje de SARS-CoV-2 (B. 1. 3), que también circuló en el AMBA, especialmente en la CABA, en el periodo de marzo-junio. Sin embargo, se observaron al menos cuatro introducciones independientes de este linaje a la provincia, con tres de ellas asociadas al desarrollo de clusters de transmisión viral en áreas circunscritas compatibles con la información epidemiológica registrada (circulación en conglomerados). Situación epidemiológica de la provincia de NeuquénAl 31 de agosto de 2020 en la provincia se habían registrado un total de 9185 casos, de los cuales 3159 fueron confirmados. En esta provincia se observó la presencia de tres linajes de SARS-CoV-2 (B. 1. 1, B. 1. 3 y B. 1. 1. 1) con fuerte predominio del B. 1. 1, cuya circulación está asociada posiblemente con una sola introducción. La misma, ya fue observada desde los primeros meses de pandemia y se diseminó no sólo en Neuquén sino también en diferentes ciudades de la provincia de Rio Negro pertenecientes al Alto Valle del Rio Negro -comunicadas por la RN 22-. En este grupo se observaron varios eventos de diversificación compatibles con circulación sostenida y con la información epidemiológica registrada. Situación epidemiológica de la provincia de Río NegroAl 27 de agosto del 2020, la provincia había analizado un total de 17701 casos sospechosos de la COVID-19, con 5264 casos confirmados. En Río Negro se observó la presencia de tres linajes (B. 1. 1, B. 1. 3 y B. 1. 1. 1) con una distribución geográfica particular para cada uno. Como ya mencionó anteriormente, las muestras del linaje B. 1. 1 (provenientes de la zona del Alto Valle y zona Atlántica) se asociaron con secuencias de la provincia de Neuquén. Las secuencias del linaje B. 1. 1. 1 se encontraron principalmente en la zona Andina (Bariloche) y zona Sur (Jacobacci), y mostraron circulación sostenida desde los primeros meses de la pandemia. Finalmente, las secuencias del linaje B. 1. 3 provinieron de las ciudades de Villa Regina, Viedma y Carmen de Patagones (provincia de Buenos Aires). Cabe destacar que al compararlas secuencias de SARS-CoV-2 obtenidas en el período marzo-abril y las aisladas en el período posterior (abril-octubre), se observó que , en la mayoría de los casos se logró contener la circulación viral. Esto es, los clusters genéticos encontrados inicialmente (por ejemplo en la provincia de Neuquén) no se encontraron representados enel segundo período Sin embargo, en algunos casos hubo evidencia de circulación sostenida de variantes virales que se establecieron en la población desde el inicio. Esto es, en los análisis filogenéticos secuencias del primer período se relacionaron en forma basal a las del nuevo período. Por último, se encontraron algunos cambios aminoacídicos en distintas regiones del genoma viral, algunos de ellos en la región que codifica para la proteína Spike, en secuencias provenientes de las tres provincias (R21T, H49Y, G75V, A626S, E654Q, N925D, Q957L, T1027I). Por otro lado, en NSP3 se encontró una deleciónde 30 nucleótidos (NSP3_del387-396) asociada a un cluster genético de circulación sostenida en las provincias de Río Negro y Neuquén, apoyando la idea de que todas tendrían un ancestro en común. Este cluster genético contiene en forma predominante a las secuencias más recientes de estas localizaciones y resulta de especial interés para su seguimiento en posteriores periodos. Una vez concluidos los análisis pertinentes relativos a esta etapa las secuencias serán subidas a la base de datos internacional GISAID. Mientras tanto éstas y todas las secuencias generadas por el proyecto PAIS están disponibles para los investigadores que desarrollan proyectos en el marco de la pandemia en el país y las requieren por ser información relevante para sus proyectos. Para conocer más ingresar a http:/ / pais. qb. fcen. uba. ar/ Proyecto PAISCreado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2. Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiativeon Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica.